한국선주협회는 톤세제 선택 예정 선사에 대해 2월 4일 이전까지 해양수산부 전산 시스템을 이용해 관련자료를 등록해줄 것을 당부했다. 2005~2009년까지 적용될 톤세제를 선택할 예정인 선사는 2005년도 법인세 과세표준 신고기한인 2006년 3월 31일까지 해양수산부 장관의 확인을 받아 관할 세무서에 '해운기업의 법인세 과세표준계산특례 적용'신청을 해야 한다. 이와 관련, 해양수산부에서는 톤세제 신고 전산시스템을 개발, 지난 1월 16일부터 가동하고 있으며, 톤세제를 선택할 선사는 관련자료를 2월 4일까지 등록해야 한다. 톤세제 신고 전산시스템은 해양수산부 홈페이지(http://www.momaf.go.kr)에서 전자민원창구를 선택하거나 전자민원창구로 곧바로 접속(http://badasori.momaf.go.kr)해 해양수산정보조회-유관단체정보입력 순으로 들어가 선사별 아이디 및 비밀번호로 로그인을 해 이용하면 된다. 선박제원 신고 및 운항선박 신고는 <입력(선사) → 신고서 제출(선사→선주협회, 증빙서류 첨부) → 한국선주협회 승인 → 해양수산부 승인> 순으로 이루어진다.